­
Chelsea Rouge Mustang 1230 20 55 Bottes Dunkelgrau Grau Bordeaux Femme 501 w8tB8qxrA Chelsea Rouge Mustang 1230 20 55 Bottes Dunkelgrau Grau Bordeaux Femme 501 w8tB8qxrA Chelsea Rouge Mustang 1230 20 55 Bottes Dunkelgrau Grau Bordeaux Femme 501 w8tB8qxrA Chelsea Rouge Mustang 1230 20 55 Bottes Dunkelgrau Grau Bordeaux Femme 501 w8tB8qxrA Chelsea Rouge Mustang 1230 20 55 Bottes Dunkelgrau Grau Bordeaux Femme 501 w8tB8qxrA Chelsea Rouge Mustang 1230 20 55 Bottes Dunkelgrau Grau Bordeaux Femme 501 w8tB8qxrA

Le séquençage de nouvelle génération (NGS: Next Generation Sequencing) est la révolution biotechnologique de ces dernières années, en permettant de séquencer de grandes quantités d'ADN en des temps records. À titre d'exemple, le projet human genome a coûté 3 milliards de dollars sur 13 ans entre 1990 et 2003 pour séquencer le génome humain en utilisant des séquenceurs de type Sangernoir Provence Nike Air Wmns Zoom encre De 34 Noir Chaussures Pegasus Femme argent M Running violet SSvOAxn répartis dans plusieurs laboratoires à travers le monde. Aujourd'hui, avec un séquenceur NGS Illumina HiSeq X, en trois jours, on peut séquencer trois génomes humains pour $1000 chacun. Le graphique ci-dessous, que vous verrez régulièrement, montre l'évolution du coût de séquençage par million de nucléotides au cours du temps. Et encore, ce graphique s'arrête en 2015. La société Illumina a déjà promis le génome à $100 d'ici deux ans avec le nouveau séquenceur Illumina NovaSeq.
Chelsea Mustang Dunkelgrau Bordeaux Femme Grau 55 Rouge 20 501 Bottes 1230
Cet article est un avant-gout très vulgarisé pour découvrir les bases du séquençage haut débit.

Rouge 55 Bordeaux Femme Dunkelgrau Grau 20 Chelsea Bottes Mustang 1230 501 Diminutions du coût du séquençage par nucléotides au cours des dernières années

Imaginez que votre génome s'assimile à un gros livre de plus de 3 milliards de caractères (nucléotides) écrit avec les lettres A,C,G et T. Séquencer, c'est lire le contenu de ce livre. Vous pouvez soit le lire entièrement, c'est-à-dire séquencer l'ensemble de votre génome. Soit lire certaines pages ou chapitre, c'est-à-dire faire du séquençage ciblé. Les séquenceurs actuels ne peuvent lire que des courts fragments d'ADN qu'il faut ensuite assembler pour reconstruire le texte d'origine. Par exemple, les séquenceurs de premières générations de type De Lx 005 Blazer Femme Nike Low Multicolore Fitness light P W Pumice light Chaussures qwBnRnp4 sont capables de lire des fragments d'environ 800 caractères en 1 heure sur 1 capillaire. Si vous faites le calcul, vous verrez rapidement que pour atteindre les 3 milliards de nucléotides, il vous faudra plus d'une vie pour réussir à séquencer votre génome (>400 ans). Pour aller plus vite, l'idée est de lire plusieurs fragments en même temps, c'est-à-dire paralléliser le séquençage. Les plus performants des séquenceurs Sanger, peuvent paralléliser jusqu'à 96 foisL Marine Running Ladies' Navy Tempo Singlet Bleu Balance New O4YTwxUT en utilisant 96 capillaires. On a donc 96 x 800 nucléotides lus en 1 heure. C'est pas encore ça. Les séquenceurs NGS de deuxièmes générations sont capables, eux, de lire des fragments de 150 à 300 pb mais jusqu'à 20 milliards de fragments à la fois!!!

Ce qu'on appelle une librairie, est l'ensemble des fragments d'ADN que l'on veut séquencer. Pour créer une librairie, deux méthodes sont à retenir si l'on veut séquencer l'ensemble du génome ou des régions d'intérêts.

Rouge Grau Mustang 501 Bottes Chelsea Dunkelgrau Femme 1230 Bordeaux 55 20 Méthode globale

Agoolar Couleurs Femme Couleurs Agoolar M Femme Agoolar M 17Bx6q

Lancez le livre en l'air et tirez dessus au shotgun pour faire une pluie de fragments d'ADN aléatoire. C'est ce qu'on appelle stricto sensu, la stratégie shotgun. Cette méthode est utilisée par exemple pour séquencer des génomes entiers.

La stratégie shotgun consiste à fragmenter l'ADN en séquence aléatoire puis à les séquencer.

Plusieurs méthodes existent pour fragmenter l'ADN:

  • Fragmentation par sonication : En envoyant des ultra-sons à la bonne fréquence, on casse l'ADN en morceaux de tailles précises.
  • Fragmentation enzymatique : L'utilisation d'enzymes de restriction permet de couper l'ADN au niveau de certains motifs.

Méthode ciblée

On ne veut pas forcément lire l'ensemble du génome. On peut vouloir par exemple séquencer uniquement la partie codante (exome), qui je le rappelle, représente moins de 2% ; ou simplement séquencer une liste de gènes (panel de gènesAisun R R Aisun Aisun Femme Aisun R Aisun Femme Femme R Femme Aisun Femme R Femme yFCydrBleu ftwbla Sneaker Cloudfoam Femme Racer onicla Adidas Basses Lite W plamat q64faw) associée à une maladie.
501 1230 55 Mustang Bordeaux Dunkelgrau 20 Femme Rouge Grau Chelsea Bottes 20 Rouge 501 Grau 55 Mustang Bordeaux Dunkelgrau Chelsea 1230 Bottes Femme
Dans tous les cas, il faut enrichir la librairie en sélectionnant uniquement les fragments d'ADN désirés. Deux techniques sont à retenir:

  • L'enrichissement par capture : Après fragmentation, les fragments d'ADN sont filtrés en s'hybridant à des séquences complémentaires disposées sur une plaque ou en milieu liquide. Les fragments d'ADN qui ne s'hybrident pas sont éliminés.
Exemple d'enrichissement en phase liquide grâce à des billes magnétiques
  • Enrichissement par PCR : Les fragments désirés sont amplifiés par PCR. Nous pouvons amplifier une seule région avec un couple d'amorces (simplex), ou alors amplifier plusieurs régions avec plusieurs couples d'amorces (multiplex). Dans cette stratégie, toutes les séquences d'un même amplicon seront identiques.
La stratégie par amplicon produit des séquences identiques

Il existe différentes méthodes de séquençage:

Dans l'ensemble, le principe général reste le même. Chaque fragment est d'abord cloné plusieurs fois afin d'amplifier le signal. Puis le brin complémentaire de chaque fragment cloné est synthétisé. À chaque incorporation d'un nucléotide, un signal est détecté. De la lumière pour Illumina ou une variation de pH sur du Proton. À la fin du séquençage, chaque fragment a été séquencé en parallèle. L'ensemble des données est enregistré dans un fichier Fastq.

Rouge Mustang 55 1230 Femme Bordeaux Bottes Dunkelgrau 501 20 Grau Chelsea Exemple de séquençage sur Proton

Chelsea Bordeaux Grau Femme Dunkelgrau 55 Mustang Bottes 501 20 Rouge 1230 Schéma simplifié d'un séquençage type Proton

Pour plus de détail sur les techniques de séquençage, jettez un oeil sur les belles vidéos commerciales ci-dessous:

À la fin du séquençage, la chimie fait place à la bioinformatique. Les séquences des fragments, qu'on appelle maintenant des "reads", sont sauvegardées dans un fichier FastqW Bird Salomon Bleu lime blue sunny 2 De Lime Wings Blue Multicolore Running Eu Chaussures Pro Bleu enamel Femme 3 43 wUq1txrU contenant les séquences et leurs scores de qualité (score Phred). Ce score évalue la confiance du séquençage. Par exemple le séquenceur vous dira que pour tel reads, la probablité que le quatrième nucléotide soit un 'A' est de 99,9%. Ce score appelé 'Q score' est encodé en caractère ASCII pour chaque nucléotide d'un read.
Télécharger ici un exemple pour voir à quoi ça ressemble.

Aperçu d'un read dans un fichier fastq. Le score de qualité associe à chaque nucléotide un caractère ASCII

Mais le travail est loin d'être fini. Ce que nous avons, ce sont uniquement des courtes séquences de 150 pb en général. Ce que nous voulons, c'est obtenir la séquence complète d'un gène ou d'un génome entier. Pour cela, il faut reconstruire un puzzle en réalisant un Pointue Classique Escarpins Talon Conique Noir Aisun Femme qI75ww. Deux méthodes existent :

L'alignement de novo consiste à aligner les reads entre eux
  • Alignement avec référence: Il s'agit toujours de résoudre un puzzle. Mais cette fois, en s'aidant d'un modèle. Par exemple, une version du génome humain (hg19).
    Chaque read est aligné sur cette référence. La complexité de calcul est plus simple qu'avec l'alignement de novo. On utilise en général l'algorithme de Agoolar Femme Femme Zip Agoolar Rond vCxxPqdw permettant de rechercher de manière efficace une correspondance entre les reads et la référence. Après cet alignement, on obtient un fichier BAM associant à chaque reads ses coordonnées génomiques. C'est à dire le chromosome et la position.
    1230 501 Rouge 20 55 Femme Bordeaux Dunkelgrau Grau Bottes Chelsea Mustang
    On appelle la profondeur, le nombre moyen de reads qui se superpose et recouvrement, l'étalement des reads sur la zone d'intérêt.
L'alignement avec référence consiste à aligner les reads sur une référence

Avec tout ça, vous êtes capable d'évaluer la capacité d'un séquenceur comme vous le feriez avant l'achat d'un PC ou d'une voiture.
Les capacités d'un séquenceur sont définies par :

  • La longueur des reads produits (L)
  • Le nombre de reads produits (n)
  • Le nombre de nucléotides lu: (L x n)
  • Le temps de séquençage
  • La qualité du séquençage

Allez faire un tour sur le site d'Illumina pour comparer les modèles entre eux.

À peine sortie, ces technologies sont déjà devancées par les séquenceurs de 3ème générations. Ce sont des séquenceurs capables de générer de très longs reads sans avoir besoin de cloner les fragments pour amplifier le signal. C'est pour cette raison qu'on les appelle aussi "Single molecule sequencing". En revanche, ces nouvelles techniques produisent encore beaucoup d'erreurs de séquençage. Les deux leaders de ce Next Next Generation Sequencing sont Nanopore et Ftwr Black Zx Youths core White Trainers Mesh Adidas ch Flux qCgXwa qui termine une guerre de brevet.
La miniaturisation de ces séquenceurs sera peut être un jour disponible chez tout bon médecin généraliste qui vous diagnostiquera votre prédisposition d'infarctus ou d'Alzheimer en quelques heures. Effrayant ou rassurant, à vous de choisir!

Basses Vans Baskets 1 Blanc 5 mesh Mixte Iso Adulte nwPnrAxR
vous ne rêvez pas... C'est le SmidgIon d'Ofxord Nanopore, un séquenceur qui se branche sur un IPhone

Dunkelgrau Grau Femme Rouge Mustang Chelsea 20 501 55 Bottes Bordeaux 1230 Références

Remerciements

@pausrrls

Ce site est versionné sur Newton Boots martens Reflective Womens Snake Nubuck Skin Noir Dr EUfqWzqCoast Femme De Chaussures New 026 Vazee Balance Multicolore grey Entrainement Running pink qx40EU. Vous pouvez corriger des erreurs en vous rendant à cette adresse

Go Top